工藤新一是全国(guó )著名(míng )的高(gāo )中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成(chéng )员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回(huí )了小(xiǎo )孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博(bó )士，博(bó )士为(wéi )他(tā )度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团(tuán )伙对他进行报复，新一决定隐姓(xìng )埋(mái )名，暗中追查他们，希(xī )望能得(dé )到解药(yào )。一日(rì )，新一 的(de )女(nǚ )友毛利兰(lán )来(lái )到了(le )阿笠博士的家寻(xún )找男友(yǒu )的下(xià )落，被小兰(lán )撞见的新一情(qíng )急之(zhī )下编造了自己名叫江户(hù )川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰家。小兰的父亲毛(máo )利(lì )小五郎是一名私家侦探，新一可(kě )以籍(jí )着和他一(yī )起四出办(bàn )案一起追查黑夜(yè )人的下落。柯南在小学(xué )认识步美等小(xiǎo )学生，他们一起组织了一个少(shǎo )年侦探团，向罪犯(fàn )宣战！