工藤新一是全国著名(míng )的高(gāo )中生(shēng )侦探，在一(yī )次追查黑衣人犯(fàn )罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后(hòu )喂了神奇的药(yào )水，工藤新一变(biàn )回了(le )小孩！新一找到了(le )经常帮助他的阿笠(lì )博士，博士为他(tā )度身打造不少间谍武器。为(wéi )了防止(zhǐ )犯罪团伙对他进行报复，新一(yī )决定隐姓(xìng )埋名(míng )，暗(àn )中追查他(tā )们，希望(wàng )能得到解药(yào )。一日，新一 的女友毛(máo )利兰来到了阿笠博士的家寻(xún )找男友的下落，被小(xiǎo )兰撞见的新一情急之下编造了自己(jǐ )名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家(jiā )。小兰的父(fù )亲毛利小五郎是(shì )一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一(yī )起追查黑夜人的下落。柯南在小(xiǎo )学认识步美等小(xiǎo )学生，他们(men )一起组织了(le )一个少年侦探(tàn )团，向罪(zuì )犯宣战(zhàn )！