工藤新一是全国(guó )著(zhe )名的高(gāo )中生侦探(tàn )，在一次(cì )追查黑衣人犯罪团(tuán )伙时不幸被团伙成(chéng )员发现(xiàn )，击晕后喂(wèi )了神奇的(de )药水，工藤(téng )新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士(shì )为他度身打造不少(shǎo )间谍武器。为(wéi )了防止犯罪团伙对他进行报复，新(xīn )一(yī )决定隐姓埋名，暗中追查他们，希(xī )望能得到(dào )解药。一日，新一 的(de )女友毛利兰来到了阿笠博(bó )士(shì )的家寻(xún )找男友的下(xià )落，被小兰撞见的新一情急之(zhī )下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰家。小(xiǎo )兰的父亲(qīn )毛利小五(wǔ )郎是一名私(sī )家侦探，新一可以籍着和他(tā )一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯(kē )南在小学认识(shí )步(bù )美(měi )等小(xiǎo )学生，他们一起(qǐ )组织了一个(gè )少年侦探团，向罪(zuì )犯宣战！