工(gōng )藤新一是全(quán )国(guó )著名的高中(zhōng )生侦探，在一次追查黑(hēi )衣人(rén )犯罪团伙时不幸被团伙成(chéng )员发现，击晕后喂了神(shén )奇的药水，工(gōng )藤新一(yī )变回了小孩！新(xīn )一找到了经(jīng )常帮助(zhù )他的(de )阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器(qì )。为了防止犯(fàn )罪团伙对他进行报复，新一决(jué )定隐姓(xìng )埋名，暗中(zhōng )追查他们，希望能得(dé )到解药。一日，新(xīn )一 的女友毛利兰来到了(le )阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情(qíng )急(jí )之下编造了自己名叫江(jiāng )户川柯南(nán )，随(suí )后柯南寄居(jū )在了小兰家(jiā )。小兰(lán )的父亲毛利小(xiǎo )五郎是(shì )一名私家侦探，新(xīn )一可以籍(jí )着(zhe )和他一起四出办案一起追查黑(hēi )夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少(shǎo )年侦探团，向罪犯宣战！