工藤新(xīn )一(yī )是全国著名(míng )的高中生侦探，在一次追查(chá )黑衣(yī )人犯罪团伙(huǒ )时不幸被(bèi )团(tuán )伙成(chéng )员发现，击晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变回(huí )了小孩！新一找到了经常帮助他的(de )阿笠博士，博士为(wéi )他(tā )度身(shēn )打造不少间谍武器。为了(le )防止犯罪团伙(huǒ )对他进行报复，新(xīn )一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解(jiě )药。一日，新一 的女友(yǒu )毛(máo )利兰来到了阿笠博(bó )士的家寻(xún )找男友的下落，被小兰撞见的新一(yī )情急之下编造了自己(jǐ )名叫江(jiāng )户(hù )川(chuān )柯南，随后柯(kē )南寄(jì )居(jū )在了小兰家。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五郎是一(yī )名(míng )私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人(rén )的下落(luò )。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团(tuán )，向(xiàng )罪犯宣战(zhàn )！