工藤新一是全国著名的高中生侦探(tàn )，在一次追查黑衣人(rén )犯罪团伙时(shí )不幸被团伙(huǒ )成员发现，击晕后喂了神奇的(de )药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经(jīng )常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不(bú )少间谍武器。为了防止犯罪(zuì )团(tuán )伙对他进行报复，新一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们，希望(wàng )能(néng )得到解药。一日，新一 的女友(yǒu )毛利兰来到了阿笠博士(shì )的家寻找男(nán )友的下(xià )落，被小兰撞见的(de )新一情急(jí )之下编造了自己名叫(jiào )江户川(chuān )柯南，随后柯(kē )南寄居在了小兰(lán )家(jiā )。小(xiǎo )兰的父(fù )亲毛利小(xiǎo )五郎是(shì )一名私(sī )家侦探(tàn )，新一可(kě )以籍着和他一起四出(chū )办案(àn )一(yī )起追查黑(hēi )夜(yè )人的下落(luò )。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个(gè )少(shǎo )年侦探(tàn )团，向罪犯宣战！