工藤新一是全国著(zhe )名的高中生侦(zhēn )探，在一次追查(chá )黑衣人犯罪团伙时(shí )不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇(qí )的药(yào )水(shuǐ )，工(gōng )藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到了经常(cháng )帮助他的阿笠博士，博(bó )士为他度(dù )身打(dǎ )造不少(shǎo )间谍武器。为了防止犯罪(zuì )团伙对(duì )他进行报(bào )复，新一决定隐姓埋名，暗中(zhōng )追查(chá )他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛(máo )利兰来到(dào )了阿笠(lì )博士的家寻找男友(yǒu )的下落，被小兰撞见(jiàn )的新一情急之下编造(zào )了自己名叫江户(hù )川柯南，随后(hòu )柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲(qīn )毛(máo )利小(xiǎo )五郎是(shì )一名私(sī )家侦(zhēn )探，新一可以(yǐ )籍着和他一起四出办案一起追(zhuī )查黑夜人的(de )下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一(yī )起组织了一个少年(nián )侦探团，向罪犯(fàn )宣(xuān )战！