工藤新一是(shì )全国著名的高中生侦探，在一次(cì )追查黑衣人犯罪团伙时不幸被(bèi )团伙成(chéng )员发现，击(jī )晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回(huí )了小孩！新一找到了经常帮(bāng )助他的阿笠博士，博士为他度(dù )身打造不少间(jiān )谍武器。为了防(fáng )止犯罪团伙对(duì )他(tā )进(jìn )行报复(fù )，新一决定隐姓埋(mái )名，暗中追查他们，希望能(néng )得到解(jiě )药。一日，新一(yī ) 的女友毛利兰来到(dào )了阿(ā )笠博士的家寻找男友的(de )下(xià )落，被小兰撞见(jiàn )的新一情急之下编造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南寄居在了小兰(lán )家。小(xiǎo )兰的父亲毛利小五郎是一名私(sī )家侦探，新一可以(yǐ )籍着和他(tā )一起(qǐ )四出办案一起追(zhuī )查黑夜人的下落(luò )。柯南在小(xiǎo )学认识步美等小学(xué )生，他们(men )一起组织(zhī )了一个少年(nián )侦探团，向罪犯宣(xuān )战！