工藤新一是全国(guó )著名的高中(zhōng )生(shēng )侦探，在(zài )一次追查黑衣人犯罪团伙时(shí )不幸被团伙成员发现，击晕(yūn )后喂(wèi )了神(shén )奇的药(yào )水，工藤新一变回了小孩！新一(yī )找到(dào )了经常(cháng )帮助他(tā )的阿笠博士，博(bó )士为他度(dù )身打(dǎ )造不少间谍武(wǔ )器。为了防止犯(fàn )罪(zuì )团伙对他进行报(bào )复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望(wàng )能(néng )得到解药(yào )。一日，新一 的女友毛利兰来(lái )到了(le )阿笠(lì )博士(shì )的(de )家寻找男友的下落，被小兰撞(zhuàng )见的新一情急之(zhī )下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南(nán )寄居在了小兰家(jiā )。小(xiǎo )兰的父亲毛(máo )利小五郎是一名私家侦探，新一(yī )可以(yǐ )籍着和他一起四出办案一起追查(chá )黑夜人的下(xià )落。柯南在小学认识步美等小(xiǎo )学生，他们一起组织了一个少年侦探团(tuán )，向罪犯宣战！