工(gōng )藤(téng )新一是全国著名的(de )高(gāo )中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时(shí )不幸被团伙成员发现，击晕后(hòu )喂(wèi )了(le )神奇的药水，工藤新一变回了(le )小孩！新(xīn )一找到了经(jīng )常(cháng )帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一(yī )决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到(dào )解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博(bó )士(shì )的家寻找男友的下落，被小(xiǎo )兰撞(zhuàng )见的新(xīn )一情急之下编造了(le )自己名叫江户川柯南(nán )，随后(hòu )柯南(nán )寄居在了(le )小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家(jiā )侦探，新一可以籍着和他一起四出(chū )办(bàn )案(àn )一起(qǐ )追查黑夜(yè )人的下落。柯(kē )南在小学认识步美等小学生，他们(men )一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战(zhàn )！