工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次(cì )追查黑衣人犯罪(zuì )团伙时不幸被(bèi )团伙成员(yuán )发现，击晕(yūn )后喂了神(shén )奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找(zhǎo )到了经(jīng )常帮助他的阿笠博士，博(bó )士为他度身打(dǎ )造不少间谍武器(qì )。为了防(fáng )止(zhǐ )犯罪(zuì )团(tuán )伙对他进行报(bào )复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解(jiě )药。一日，新(xīn )一(yī ) 的女友毛利兰来到了阿笠博士的(de )家(jiā )寻找(zhǎo )男友的下落，被小兰撞(zhuàng )见的新一情急(jí )之下编造了自(zì )己名叫江户川(chuān )柯南，随(suí )后柯南寄居在了小(xiǎo )兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以(yǐ )籍着和他(tā )一起四出办案一起(qǐ )追查(chá )黑夜人的(de )下落。柯南在小学认识步美等(děng )小学生，他们一起组织了一个少年侦探(tàn )团(tuán )，向罪犯宣战！