工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣(yī )人犯罪团伙(huǒ )时不幸被(bèi )团伙成员发现(xiàn )，击晕后(hòu )喂(wèi )了神奇的药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博(bó )士(shì )，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团(tuán )伙对(duì )他进行报复，新(xīn )一决定隐姓埋名(míng )，暗中追查他们，希望(wàng )能(néng )得到解药。一日(rì )，新一(yī ) 的女(nǚ )友毛利兰来到了阿笠博士的家(jiā )寻找男友(yǒu )的下落(luò )，被小兰撞见的(de )新一情急(jí )之下编造了自己名叫江户川柯南，随后(hòu )柯南(nán )寄居(jū )在(zài )了小兰家(jiā )。小兰的父亲毛利小五郎是一(yī )名私家侦探(tàn )，新一可以籍着和他一起四(sì )出办案一起追查(chá )黑夜人的下落(luò )。柯南在小学认(rèn )识步(bù )美(měi )等小学生，他们(men )一起(qǐ )组织了一(yī )个少年侦探团，向罪犯宣战！