工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪(zuì )团伙(huǒ )时不(bú )幸(xìng )被(bèi )团伙成员发(fā )现，击(jī )晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到(dào )了经常帮助他的阿(ā )笠博士(shì )，博士(shì )为他度身打造不少间谍武(wǔ )器。为了防止犯(fàn )罪团(tuán )伙对(duì )他进行报复，新一决定(dìng )隐姓埋名，暗中追查他们，希(xī )望能得到解(jiě )药(yào )。一日，新(xīn )一 的(de )女友毛利兰来到了(le )阿笠博士的(de )家寻找男(nán )友的下(xià )落(luò )，被小兰(lán )撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川(chuān )柯南(nán )，随后柯南寄(jì )居在了小兰家。小兰的父亲毛(máo )利小(xiǎo )五郎是一名私家侦探，新一可以籍着(zhe )和他(tā )一(yī )起(qǐ )四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南(nán )在小学认识步美等(děng )小学生(shēng )，他们一(yī )起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！