工(gōng )藤新一是全(quán )国著名的(de )高中生(shēng )侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时(shí )不幸被团伙(huǒ )成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变回(huí )了小孩！新一找到了经常帮助他的(de )阿笠博士，博士为他度身(shēn )打(dǎ )造(zào )不少间谍武器。为了(le )防(fáng )止犯罪团伙(huǒ )对他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋名(míng )，暗中追(zhuī )查他们，希望能得(dé )到解药。一(yī )日，新一 的女友毛利兰来到(dào )了阿笠博(bó )士的家寻找男(nán )友的(de )下落，被小兰撞见的新一情急之(zhī )下编造了自己名叫江户(hù )川(chuān )柯南，随(suí )后柯南寄居(jū )在了小兰家。小兰的(de )父亲毛利小五郎是一名(míng )私家(jiā )侦探，新一可以籍着(zhe )和他一起四出办案(àn )一起追查黑夜人的(de )下落。柯(kē )南在小学认(rèn )识步美等小学生，他们一起组织了一(yī )个少年侦探团(tuán )，向罪犯宣(xuān )战！