工藤新一是全(quán )国(guó )著名的高中生侦探，在一次(cì )追(zhuī )查黑(hēi )衣人犯罪团伙(huǒ )时(shí )不幸被团伙成员发现(xiàn )，击晕后喂了神奇的药水，工藤(téng )新一变回(huí )了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博(bó )士为(wéi )他度身(shēn )打造不少间(jiān )谍(dié )武器。为了防(fáng )止犯罪团伙对他进行(háng )报复，新(xīn )一决定隐姓埋名，暗中(zhōng )追查他们，希望能得到解药(yào )。一日，新(xīn )一 的(de )女友毛利兰来到了阿(ā )笠博士的家寻找男友的(de )下落，被小兰撞见的新(xīn )一情急之下编造了自(zì )己名叫(jiào )江户(hù )川柯南，随后柯南寄居在了(le )小兰家。小兰的(de )父(fù )亲毛利小五郎是一名私(sī )家侦探(tàn )，新一可(kě )以(yǐ )籍着和他一起四(sì )出(chū )办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探(tàn )团，向罪犯(fàn )宣战！