工藤新一是全国著名的高中(zhōng )生(shēng )侦探，在一次追(zhuī )查黑(hēi )衣人犯罪团伙时不(bú )幸被团伙成员发现(xiàn )，击晕后喂了神(shén )奇的药水，工藤新(xīn )一变回了(le )小孩！新一找到(dào )了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度(dù )身打造不(bú )少间谍武器。为(wéi )了(le )防止犯罪团伙对(duì )他进(jìn )行报(bào )复，新一(yī )决定隐姓(xìng )埋名，暗中追查(chá )他们，希望能得到(dào )解药。一日，新一 的女友毛利(lì )兰来到了阿笠(lì )博士的家寻找男友的下落(luò )，被小兰(lán )撞见的新一情急之下编造了(le )自己名叫江户川柯南，随后柯南(nán )寄居在了(le )小(xiǎo )兰家。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五郎是一名(míng )私家侦探(tàn )，新一可以籍着和他一起(qǐ )四出办案一起(qǐ )追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少(shǎo )年侦探团，向罪犯宣战！