工藤新(xīn )一(yī )是全(quán )国(guó )著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙(huǒ )时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤(téng )新一变回了小孩！新一(yī )找(zhǎo )到了(le )经常帮助他的阿笠博士(shì )，博士为他度身打造(zào )不(bú )少间谍(dié )武器。为了防止犯罪团伙对他(tā )进行(háng )报复，新一决(jué )定(dìng )隐姓(xìng )埋名，暗中追查他们，希望能得到(dào )解药。一日，新一 的(de )女友毛(máo )利兰来到了阿笠博士的家(jiā )寻找男友的下落，被小(xiǎo )兰撞见的新一情急之下编造(zào )了自己名叫江(jiāng )户川(chuān )柯南，随后柯南寄(jì )居在(zài )了小兰家。小兰(lán )的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四(sì )出(chū )办(bàn )案一起(qǐ )追查黑夜人的(de )下(xià )落。柯南在(zài )小学认识步美等小(xiǎo )学生，他(tā )们一起组(zǔ )织(zhī )了一个少年侦探(tàn )团，向罪犯宣战！