工藤新一(yī )是全国(guó )著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙(huǒ )成员发现(xiàn )，击晕后喂了神奇(qí )的药(yào )水(shuǐ )，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿(ā )笠博士，博士(shì )为他度身打造(zào )不(bú )少间谍武器。为(wéi )了防止犯(fàn )罪团伙对他进(jìn )行报复，新一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们，希望能(néng )得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博(bó )士的家寻找男(nán )友(yǒu )的下落，被小(xiǎo )兰撞见的(de )新(xīn )一(yī )情急之下编造了自己名(míng )叫江户川(chuān )柯南，随后柯南寄居在了小兰家(jiā )。小兰的父(fù )亲毛(máo )利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着(zhe )和(hé )他一起四出办案一(yī )起追查黑夜人的下(xià )落。柯南在小学认识步美等小学生，他们(men )一起组(zǔ )织(zhī )了一个少年侦探(tàn )团，向罪犯宣战！