工藤新一是全(quán )国著名的高(gāo )中生侦探，在一次追(zhuī )查黑衣人(rén )犯罪团伙时不幸被团(tuán )伙成员发现，击晕后喂了神奇的药(yào )水，工藤新一变回了(le )小孩！新(xīn )一(yī )找到(dào )了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器(qì )。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐(yǐn )姓(xìng )埋(mái )名，暗中追查他们，希望(wàng )能得到(dào )解药。一(yī )日，新一 的女友毛(máo )利兰(lán )来到了阿(ā )笠博士的家寻找(zhǎo )男(nán )友的下(xià )落，被小(xiǎo )兰(lán )撞(zhuàng )见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯(kē )南(nán )，随后柯南寄居在(zài )了小兰家。小(xiǎo )兰的父亲毛(máo )利小五郎是(shì )一名私家(jiā )侦探，新一(yī )可以籍(jí )着和他一起四出办案一起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他(tā )们(men )一(yī )起组织了一个少年(nián )侦探团，向罪犯宣战！