工藤新一是全国著(zhe )名的高中(zhōng )生侦探，在一次追查黑(hēi )衣人(rén )犯罪团伙时不幸(xìng )被(bèi )团伙成员发现，击晕(yūn )后喂了神(shén )奇(qí )的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常(cháng )帮助他的阿笠博士，博士为(wéi )他度身打(dǎ )造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新(xīn )一决定隐姓埋名，暗中追查他(tā )们，希望能(néng )得到解(jiě )药。一日，新一 的(de )女友毛利兰来到了阿笠博士(shì )的家(jiā )寻找男友的(de )下落，被小兰撞见的新一(yī )情急之下编造了自己(jǐ )名(míng )叫江(jiāng )户川(chuān )柯南(nán )，随后柯南(nán )寄居在了小兰家。小(xiǎo )兰的(de )父亲毛利小五(wǔ )郎是一名私家侦探(tàn )，新(xīn )一可以籍着和他一起四出办案(àn )一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生(shēng )，他们一起组织(zhī )了一个少(shǎo )年侦(zhēn )探团，向罪(zuì )犯宣战！