工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑(hēi )衣人(rén )犯罪团伙时不幸被团伙(huǒ )成员发现，击晕后喂(wèi )了神奇的药(yào )水，工藤新一变回了小孩(hái )！新一找到了经常帮助(zhù )他(tā )的阿笠博士，博士为他度身打造不少(shǎo )间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新(xīn )一(yī )决(jué )定(dìng )隐姓埋(mái )名，暗中追(zhuī )查他们，希望能得到解药。一日(rì )，新一 的女友毛利(lì )兰来到(dào )了阿笠博士的家(jiā )寻找男(nán )友的(de )下落，被小兰撞见的新一(yī )情急之下编造了自己名叫(jiào )江户川柯南，随后柯(kē )南(nán )寄居在(zài )了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起(qǐ )四出办案(àn )一起追查(chá )黑(hēi )夜人的下落。柯南在小学认识步美(měi )等小学生，他们一起组(zǔ )织了一(yī )个少年侦探团，向罪犯宣战！