工藤新一是全国著名的高中(zhōng )生侦探，在(zài )一次追查黑衣人犯罪团伙时(shí )不幸被(bèi )团(tuán )伙成员发现，击晕后喂(wèi )了(le )神奇的药(yào )水，工(gōng )藤新一变(biàn )回了(le )小孩(hái )！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博(bó )士为他度身打造(zào )不少间(jiān )谍武器。为(wéi )了防止犯罪团伙对他进(jìn )行报复，新一决(jué )定隐姓(xìng )埋名，暗中追(zhuī )查(chá )他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博(bó )士的家(jiā )寻找男友的下落，被小(xiǎo )兰撞见的(de )新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰家。小(xiǎo )兰的父亲毛利(lì )小五(wǔ )郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案(àn )一起追查黑夜人的下落(luò )。柯南在(zài )小(xiǎo )学认识步美等小学生，他(tā )们(men )一(yī )起组织了(le )一个少年侦探团，向罪犯宣(xuān )战！