工藤新一(yī )是全国著名的高中生(shēng )侦探，在一次追查黑衣人(rén )犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现，击晕后(hòu )喂了神(shén )奇的药(yào )水，工藤新一变回了小孩！新一找到(dào )了经常(cháng )帮助他的阿笠博士，博士为他(tā )度身打造不少间谍(dié )武器。为了防止犯罪(zuì )团伙(huǒ )对他(tā )进(jìn )行报(bào )复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们(men )，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博(bó )士的家寻找男(nán )友的下落，被小兰撞见的新一(yī )情急之下(xià )编造(zào )了(le )自己名叫江户川柯南，随后(hòu )柯南寄居在了小(xiǎo )兰家。小兰的(de )父亲毛利小五郎是一名私家侦(zhēn )探，新一可以籍(jí )着和他(tā )一起四出办(bàn )案(àn )一起追查黑夜(yè )人的(de )下落。柯南在小学(xué )认识步(bù )美等小(xiǎo )学生(shēng )，他们一起组织了一个少年侦探(tàn )团，向罪犯宣战！