工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次(cì )追(zhuī )查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙(huǒ )成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回(huí )了小孩！新(xīn )一找到(dào )了(le )经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍(dié )武器。为(wéi )了防止(zhǐ )犯罪团伙对他(tā )进行报(bào )复(fù )，新(xīn )一决定隐(yǐn )姓埋名，暗中追查他们，希(xī )望能(néng )得(dé )到解药。一日，新(xīn )一(yī ) 的女友毛利兰来到(dào )了阿笠博士的家寻(xún )找(zhǎo )男友的下落，被小兰撞见(jiàn )的新一情急之下编造(zào )了自己(jǐ )名叫江户川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰家。小兰(lán )的(de )父(fù )亲毛利小五(wǔ )郎是一名私(sī )家侦探，新一可以籍着和他一起四(sì )出办案一(yī )起追查黑夜人的下落。柯南在(zài )小学(xué )认识步美等小学生，他们一起组织了一(yī )个(gè )少年侦探团，向罪犯宣战！