工藤新一是全国著名的(de )高中生侦探，在(zài )一次追查黑衣人犯罪团(tuán )伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神(shén )奇的药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到了经常帮助(zhù )他的(de )阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为(wéi )了(le )防(fáng )止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋(mái )名(míng )，暗中追查他们，希望能得到解(jiě )药。一日(rì )，新一(yī ) 的女友(yǒu )毛利兰来到了阿(ā )笠博士的家寻找男友的下(xià )落，被(bèi )小(xiǎo )兰撞见的新一情急之下(xià )编(biān )造了(le )自己名叫江户川柯南，随(suí )后柯南寄(jì )居在(zài )了小兰家。小兰的父亲毛(máo )利小五郎是一名(míng )私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学(xué )认识(shí )步美等小学(xué )生(shēng )，他(tā )们一起组织了一个少年侦探团(tuán )，向罪犯宣战！