工藤新一是全国著名的高中生侦探(tàn )，在(zài )一次追查黑衣(yī )人犯罪团伙时不幸被团伙成员(yuán )发现，击晕后喂了神(shén )奇的药(yào )水，工(gōng )藤新一变回了(le )小孩！新(xīn )一找到了经(jīng )常帮助他的阿(ā )笠博士，博士(shì )为他度身打造不(bú )少间谍武(wǔ )器。为了(le )防止(zhǐ )犯罪团(tuán )伙对他进行报复，新(xīn )一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一(yī )日(rì )，新一 的女友毛利兰来(lái )到(dào )了阿笠博士的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰撞(zhuàng )见的新一情(qíng )急之下编造了自己(jǐ )名(míng )叫江户川(chuān )柯南，随(suí )后柯南寄居在了小兰(lán )家(jiā )。小兰的父亲毛(máo )利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍(jí )着和他一起四出办案一起追查(chá )黑夜人的下落。柯(kē )南(nán )在小学认(rèn )识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团(tuán )，向罪犯宣战！