工藤新一是全国著名的高(gāo )中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团(tuán )伙时(shí )不幸被团伙成(chéng )员发现，击晕后(hòu )喂了(le )神奇的(de )药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助(zhù )他的阿笠博士，博(bó )士为他度身(shēn )打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐(yǐn )姓(xìng )埋(mái )名，暗中追查他们，希望能得到(dào )解药。一日(rì )，新(xīn )一 的(de )女(nǚ )友毛利(lì )兰来(lái )到了阿笠博士的(de )家寻找(zhǎo )男友的下落，被小兰撞见的新一情急之(zhī )下编造了自己名叫江(jiāng )户川(chuān )柯南，随后(hòu )柯南寄居(jū )在了小兰家。小兰(lán )的父亲(qīn )毛利小五郎是(shì )一名私家侦探，新一可以籍着和他一(yī )起四出办案一起(qǐ )追查黑(hēi )夜(yè )人的下落。柯南在小学认识步美等小学生(shēng )，他们一起组织了一个少年侦探团，向(xiàng )罪犯(fàn )宣战！