工(gōng )藤新一是全国著名的高中生侦探(tàn )，在一(yī )次追查黑衣人犯罪团伙时(shí )不幸被团伙成员发(fā )现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新(xīn )一变回了小孩！新一(yī )找(zhǎo )到了(le )经常(cháng )帮助(zhù )他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他(tā )进(jìn )行报复，新一决定隐姓埋名(míng )，暗中追查他们，希望能(néng )得到解药。一日，新(xīn )一(yī ) 的女友(yǒu )毛利兰来(lái )到(dào )了阿笠博士的家寻找男友(yǒu )的下落，被小兰(lán )撞见的新(xīn )一(yī )情急(jí )之(zhī )下编造了自己(jǐ )名叫(jiào )江户川柯南，随后柯南(nán )寄(jì )居(jū )在(zài )了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探(tàn )，新一可以籍着和他一起四出(chū )办(bàn )案一起追查黑夜人的下落。柯南(nán )在小学认识步美(měi )等小学生，他们一起组织了一个(gè )少年侦探团，向罪犯宣(xuān )战！