工藤新(xīn )一(yī )是全国著名的高中生侦探，在(zài )一次(cì )追查(chá )黑衣人犯罪团(tuán )伙时不幸被团伙成(chéng )员发现，击晕后喂了神奇(qí )的药水，工藤新(xīn )一变(biàn )回了小孩！新(xīn )一找到了经常帮助他的阿笠博士，博(bó )士(shì )为他度身(shēn )打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进(jìn )行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希(xī )望能(néng )得到(dào )解药。一日，新一 的女友毛(máo )利兰来到(dào )了阿(ā )笠博(bó )士的(de )家寻(xún )找(zhǎo )男友的下落，被小(xiǎo )兰撞见(jiàn )的新一情急(jí )之下编造了自己名叫江(jiāng )户(hù )川柯南，随后柯南寄居在了(le )小兰家。小兰(lán )的父亲毛利小(xiǎo )五郎是一名私家侦探，新一(yī )可以籍着和他一起四出(chū )办案一(yī )起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生(shēng )，他们一起组织了一个少年(nián )侦探(tàn )团，向罪犯宣战！