工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不(bú )幸被团伙(huǒ )成员(yuán )发现，击(jī )晕后喂了(le )神奇(qí )的药水(shuǐ )，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博(bó )士，博士为他度身打造不少间(jiān )谍(dié )武器。为(wéi )了防止犯罪团伙对他进行报(bào )复，新一决定隐姓(xìng )埋名，暗中追查他们，希望能得到(dào )解药。一日，新一(yī ) 的女友毛利兰来到了阿笠博(bó )士的家寻找男友(yǒu )的(de )下落，被小兰撞见(jiàn )的(de )新一情(qíng )急之下编(biān )造了自己名叫江(jiāng )户(hù )川柯南，随(suí )后柯南寄居在了(le )小兰家。小兰的父亲毛(máo )利(lì )小五郎(láng )是一名私家侦探，新一可以籍(jí )着和他一(yī )起四(sì )出办案一起追查(chá )黑夜人(rén )的下落。柯南在小学认识步美等小学(xué )生，他们一起组(zǔ )织了一个少年侦探团(tuán )，向罪(zuì )犯宣战！