工藤新一是全国(guó )著名的高(gāo )中生侦探(tàn )，在一次追查黑衣(yī )人犯罪(zuì )团伙(huǒ )时不(bú )幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新(xīn )一变回了小孩！新(xīn )一找到了经常帮助(zhù )他的阿笠(lì )博士(shì )，博(bó )士为他度身打造不少间谍武器。为了防止(zhǐ )犯罪(zuì )团(tuán )伙(huǒ )对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们(men )，希望能得到解药。一日，新一 的女(nǚ )友毛利兰(lán )来到了阿(ā )笠博(bó )士(shì )的家寻找男友的下(xià )落，被小兰撞见(jiàn )的新(xīn )一情(qíng )急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰家。小兰的父亲毛利小(xiǎo )五郎是一名私(sī )家侦(zhēn )探，新一(yī )可(kě )以籍着和(hé )他一起四出办案一(yī )起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯南(nán )在小学认识步美等小学生(shēng )，他们一起组织了一个少年侦探(tàn )团，向罪犯(fàn )宣战！