工藤新一(yī )是全国著名的高中生侦探，在一次追查(chá )黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕(yūn )后喂了神奇的(de )药水，工藤新一变回(huí )了小孩(hái )！新一找到了经常(cháng )帮助他的阿笠博士(shì )，博士为他度身(shēn )打造不少间谍武器。为了防止犯罪(zuì )团伙对他进行报复，新一(yī )决定隐姓埋名，暗中追(zhuī )查(chá )他们，希望能得(dé )到解药。一日，新一 的女友(yǒu )毛利(lì )兰(lán )来到(dào )了阿笠博士(shì )的家寻找男友的下落，被小(xiǎo )兰撞见(jiàn )的新一(yī )情急之(zhī )下编造了自己(jǐ )名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南寄居在了小兰(lán )家。小兰的(de )父(fù )亲毛利(lì )小五郎是(shì )一名私家侦探，新一可(kě )以籍着和他(tā )一起四出办案一起追查黑夜人的下(xià )落。柯南在(zài )小(xiǎo )学认识(shí )步美(měi )等小学生，他们(men )一起组(zǔ )织了一个少(shǎo )年侦探团，向罪犯(fàn )宣战！