工藤新一是全国著(zhe )名的高中生侦(zhēn )探，在一(yī )次追查黑衣人犯罪团伙时(shí )不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回(huí )了(le )小孩！新一(yī )找到了(le )经常帮(bāng )助他的阿笠博士，博士为他(tā )度身(shēn )打造不少间谍(dié )武(wǔ )器(qì )。为了防止(zhǐ )犯罪(zuì )团伙对他进(jìn )行报复，新(xīn )一决定隐姓埋名(míng )，暗中追(zhuī )查他(tā )们，希望能得到(dào )解(jiě )药。一日，新一 的(de )女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞(zhuàng )见的(de )新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰家(jiā )。小兰的父(fù )亲毛利小五郎是(shì )一名私家(jiā )侦探(tàn )，新一可以籍(jí )着和他一起四出(chū )办案一起(qǐ )追查(chá )黑夜人的下落。柯南在小学(xué )认识步美等小(xiǎo )学生，他们一起组(zǔ )织了一个少年侦探(tàn )团，向罪犯宣战！