工藤新一是全国著名的高中生侦探，在(zài )一次追查(chá )黑衣人犯(fàn )罪(zuì )团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神(shén )奇的药水，工藤新一变回了(le )小孩！新(xīn )一(yī )找到了经常帮助他的阿笠博士，博士(shì )为他度身(shēn )打(dǎ )造不少间谍武器。为了防(fáng )止犯(fàn )罪团伙对他进行报复，新(xīn )一(yī )决定隐姓埋(mái )名，暗中追查(chá )他们，希(xī )望能得到解药。一(yī )日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之(zhī )下编造了(le )自己名叫江(jiāng )户川柯南(nán )，随(suí )后柯(kē )南寄居在(zài )了小兰家。小兰的父亲(qīn )毛利小五郎是一名私家侦探，新一可(kě )以籍着和他一(yī )起四出办案一(yī )起追查黑夜人的下落。柯南(nán )在(zài )小学认识步美等小学生，他(tā )们一起组织了(le )一个少年(nián )侦探(tàn )团，向罪犯宣战！