工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣(yī )人犯罪团伙时不(bú )幸被团伙成(chéng )员(yuán )发现(xiàn )，击晕后喂(wèi )了神奇的药水，工藤新一变回了小孩(hái )！新一找到(dào )了经常帮(bāng )助他的阿笠博士，博士为他(tā )度(dù )身打(dǎ )造不少间谍武器。为了(le )防止犯罪团伙对他进(jìn )行(háng )报复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗(àn )中追查(chá )他们(men )，希望能(néng )得到解(jiě )药。一(yī )日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男(nán )友(yǒu )的下落，被小兰撞见的新一情急之下编(biān )造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后(hòu )柯(kē )南寄居在了小兰家(jiā )。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家(jiā )侦探，新一可以籍着(zhe )和(hé )他一起四出办案(àn )一(yī )起追查黑夜人的下落。柯南(nán )在小学认识步美等小学生，他(tā )们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯(fàn )宣战！