工藤新一是全国著(zhe )名的高中(zhōng )生(shēng )侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不(bú )幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变回(huí )了小孩！新一找到了经常帮助(zhù )他的阿笠(lì )博士(shì )，博(bó )士(shì )为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团(tuán )伙对他进(jìn )行报复，新一(yī )决定隐姓埋名，暗中追查他(tā )们，希望(wàng )能得到(dào )解药。一日，新一 的女(nǚ )友(yǒu )毛利兰来到了(le )阿(ā )笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见(jiàn )的(de )新一情(qíng )急之下编造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南寄居在了(le )小兰家。小(xiǎo )兰的父亲毛(máo )利小五郎(láng )是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一(yī )起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生(shēng )，他们一起(qǐ )组织(zhī )了(le )一个少年侦(zhēn )探团，向罪犯(fàn )宣战(zhàn )！