工藤新一是全国(guó )著(zhe )名的高中生侦(zhēn )探，在一次追查(chá )黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂(wèi )了神奇的(de )药水，工藤(téng )新一(yī )变回了小孩！新一找到了经常帮助(zhù )他的阿笠博士，博士为(wéi )他(tā )度(dù )身打造不少(shǎo )间谍武器(qì )。为了防(fáng )止犯罪(zuì )团伙对他进行报(bào )复，新一决定(dìng )隐姓(xìng )埋名，暗中追查他们，希望能得到解(jiě )药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿(ā )笠(lì )博士的(de )家寻找男友(yǒu )的下(xià )落，被小兰撞见(jiàn )的(de )新一情急之下编造了自己名叫江户川(chuān )柯南，随后柯南寄(jì )居在了小兰(lán )家。小兰的父(fù )亲毛利(lì )小(xiǎo )五(wǔ )郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追(zhuī )查黑夜人的下落。柯(kē )南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少(shǎo )年(nián )侦探团，向(xiàng )罪犯宣战！