工藤(téng )新一是全国著名的(de )高中生侦探(tàn )，在一(yī )次(cì )追查黑衣人(rén )犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了(le )神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到(dào )了经常帮助他的(de )阿笠博士(shì )，博士为(wéi )他度身打造不少间(jiān )谍武器。为了防止(zhǐ )犯罪(zuì )团伙对他进行报复(fù )，新一决定隐姓埋名，暗(àn )中追查他们，希(xī )望能得到解药(yào )。一日，新一(yī ) 的女(nǚ )友毛利兰(lán )来到了阿笠(lì )博士的家寻找男友的下落(luò )，被(bèi )小兰撞见的新一(yī )情急之(zhī )下编造(zào )了自己名(míng )叫江户(hù )川柯南，随后柯南寄居在(zài )了小兰家。小(xiǎo )兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以(yǐ )籍着和(hé )他(tā )一起四(sì )出办案一起(qǐ )追查(chá )黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探(tàn )团，向罪犯宣战！