工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查(chá )黑衣人犯罪(zuì )团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工(gōng )藤新一变回(huí )了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠(lì )博士，博(bó )士(shì )为他度身打(dǎ )造(zào )不(bú )少(shǎo )间谍武(wǔ )器。为(wéi )了防止犯罪团伙对(duì )他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望(wàng )能得到解(jiě )药。一(yī )日，新(xīn )一(yī ) 的(de )女友毛(máo )利兰来到(dào )了阿(ā )笠博士的家寻找男友的下落，被小(xiǎo )兰撞见的新一情急之下编造了(le )自己名(míng )叫江户川柯南，随后柯南寄居(jū )在了小兰家。小兰的父亲毛(máo )利小五(wǔ )郎是一名(míng )私家侦探，新(xīn )一可以籍着和他一起四出办案一起(qǐ )追查黑(hēi )夜人的(de )下落。柯南在小(xiǎo )学认(rèn )识(shí )步美(měi )等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！