工(gōng )藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次(cì )追查黑(hēi )衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发(fā )现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新(xīn )一(yī )变回了小孩！新一找(zhǎo )到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他(tā )度(dù )身打造不少间谍武器。为了防止犯(fàn )罪团伙对他进行报复，新一决(jué )定(dìng )隐(yǐn )姓(xìng )埋名(míng )，暗(àn )中(zhōng )追查他们，希望能得到解药(yào )。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之(zhī )下编造了自己名叫江(jiāng )户川柯南，随后(hòu )柯南(nán )寄居在了小兰家。小兰(lán )的父(fù )亲毛利小五郎是一名私(sī )家侦探，新(xīn )一(yī )可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人(rén )的下(xià )落。柯南在小(xiǎo )学认识步美等小(xiǎo )学生，他们(men )一(yī )起组织了一个少年(nián )侦探团，向(xiàng )罪犯宣战！