工藤新一是全(quán )国著名的高中生侦探，在一次追查(chá )黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的(de )药水，工藤新一变回了小(xiǎo )孩！新一找到了(le )经(jīng )常帮助(zhù )他的阿笠(lì )博士，博士为他度身打造不(bú )少间(jiān )谍(dié )武器(qì )。为了防(fáng )止犯罪团伙对他进行报复，新一决定(dìng )隐姓埋(mái )名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女(nǚ )友毛利兰来到了(le )阿(ā )笠博士的家寻找男友(yǒu )的下落，被小兰撞(zhuàng )见(jiàn )的新(xīn )一情急之下编造了自己名(míng )叫江(jiāng )户川(chuān )柯南，随后柯(kē )南寄居在了小兰家。小兰的父(fù )亲毛利(lì )小五(wǔ )郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办(bàn )案一(yī )起追查黑夜人的(de )下落。柯(kē )南(nán )在小学认识步美等小学生，他(tā )们(men )一起组织了(le )一个少年侦探(tàn )团，向罪(zuì )犯宣战！